不同的抗原决定簇，根据结构，可以把表位分为构象决定簇、线性决定簇及新抗原决定簇。

1、构象决定簇

在蛋白质分子折叠时，由线性氨基酸序列的相隔离的氨基酸残基而形成的空间构象，称为构象决定簇（conformational determinant）（图3A）。如溶菌酶分子上的表位来自一级序列的两个相隔离的氨基酸残基，所以蛋白质或者肽类抗原的抗原决定簇依赖于其一级结构和空间结构。

2、线性决定簇

蛋白质抗原上的表位是由相邻连续的或非连续的氨基酸序列形成的局部表面结构。在共价序列的邻近氨基酸残基形成的表位称为线性决定簇（linear determinant)。据估计，能与抗体形成特异性结合的线性决定簇的大小为6个氨基酸残基左右。一般情况下，线性决定簇不能与抗体的抗原结合部位接触，只有在其变性时被暴露。

3、新抗原决定簇

有一种在天然蛋白质分子中不存在或不被暴露的抗原决定簇，经过特定的蛋白酶水解后才形成或被暴露出来，这种抗原决定簇称为新抗原决定簇（neoantigenic determinant）。